Công viên khảo cổ nằm trong lưu vực thượng lưu của sông Magdalena và các nhánh chính của nó, thuộc thị trấn San Agustín, ở Huila, chân đồi phía đông của Khối núi Colombia. San Agustín cách thủ đô Bogotá 520 km. Phần còn lại của nền văn hóa cổ đại này nằm rải rác trên một khu vực rộng hơn 50 km vuông, trên các cao nguyên nằm ở hai bên hẻm núi được hình thành bởi sông Magdalena. Bản thân công viên tương ứng với một khu vực nhỏ hơn nhưng có mật độ mộ tập trung cao và hơn 500 bức tượng không rõ nguồn gốc.

Ngoài công viên khảo cổ còn hai địa điểm khảo cổ độc lập khác là Alto de los Ídolos (Cao nguyên tượng thần) và Alto de las Piedras (Cao nguyên đá) nằm tại thị trấn Isnos cách San Agustín chỉ vài kilômét. Cách Isnos khoảng 4 km là bức tượng cao nhất của công viên khảo cổ với chiều cao 7 mét.